Скельская пещера представляет собой своеобразный природный заповедник и относится к одной из не многих крымских пещер, фауна которой заинтересовала исследователь практически сразу после её открытия.
В 1910 году М.М. Новиковым, профессором Московского государственного университета были проведены здесь первые биоспелеологические исследования. В результате проведенных изысканий было отмечено 9 видов беспозвоночных животных в разной степени связанных с пещерными биотопами. И даже была выпущена небольшая брошюра «Скельская сталактитовая пещера и ея фауна» под его редакцией.
Активные исследования в пещере проводились и другими специалистами вплоть до 1914 года. Отбор материалов здесь вёл будущий профессор Ярославского педагогического института Б.С. Грезе – специалист по гидробиологическому исследованию озер. Тогда из отобранных им материалов был описан пещерный вид сенокосца (Buresiola coecum Greze).
Здесь в 1947 году побывал основатель пермской школы арахнологов Д.Е. Харитонов, обнаруживший малого подковоноса (Rhinolophus hipposideros Bechstein).
Второй этап биоспелеологических исследований в пещере Скельской связан с работой Комплексной карстовой экспедиции АН УССР в 60-х годах прошлого столетия в работе, которой принимал участие профессор МГУ Я.А. Бирштейн. В результате список спелеофауны значительно пополнился. А также было обнаружено богатое местонахождение позвоночных голоценового (послеледникового) возраста: костные остатки 13 видов животных, в том числе антилопы-сайгака, лесного кота — вымерших, сейчас уже не живущих в Крыму.
По видовому многообразию и уникальности животного мира полость стоит на втором месте в Крыму после Красной пещеры. В ней обнаружено значительное количество троглобионтных (постоянно проживающих в пещерах) видов, некоторые из которых являются локальными эндемиками.
В ней обнаружено значительное количество троглобионтных видов беспозвоночных — бокоплав Niphargus vadimi, мокрицы Tаuronethes lebedinskii и Tauroligidium stygium, сенокосец Buresiola coecum, многоножка Lithobius scelicus. Существует большая вероятность, что среди найденных здесь ногохвосток и двупарноногих многоножек можно встретить троглобионтов. Характерна приуроченность всех названных видов, за исключением мокрицы Т. stygium, только к этой пещере.
Кроме указанных видов, в разные годы в Скельской пещере встречены:
из веслоногих ракообразных – Speodiaptomus birsteini (Боруцкий, 1949, 1962);
из пауков - Lepthyphantes khobarum Char. (Харитонов, 1947);
из многоножек - Lithobius stuxbergi Sse1iv. (Новиков, 1911), L. scelicus n. sp. (Залесская, 1963), Brachijulus tauricus A11ems и Br. rossicus Tim. (Лебедев, 1912);
из ложных скорпионов - Obisium abellei Sim. (Лебедев, 1914);
из двукрылых - Limonia nubeculosa Mg. (Бирштейн, 1963), Sciara spectrum Wurtz. и Phora pulicaria Fall. (Лебедев,1912, 1914; Новиков, 1911), Trichocera maculipenis Meig. и Exechia sp. (Бирштейн, 1963), Arrhopalites pseudosecundarius skelicus (n. sp.?) и Ceratophysella gr. armata (n. sp.?) (Амеличев и др., 2004).
Из позвоночных-троглофилов в Скельской пещере зафиксированы два вида летучих мышей – большой и малый подковоносы (Rhinolophus ferrumequinum, Rh. hipposideros). Оба вида встречаются только летом. Популяция первого насчитывает 2-3 десятка особей, второго – 5-7 зверьков.
Подземная флора и фауна Скельской пещеры являются неотъемлемой и важной частью ее экосистемы. Растения и животные, обитающие здесь, выступают в роли чутких живых индикаторов экологического состояния подземной среды. Они наиболее быстро и остро реагируют на все изменения условий жизнеобитания. Это связано с тем, что экологическая ниша, которую они занимают, очень узка, как по физико-химическим параметрам, так и по географическим. Поэтому органический мир Скельской пещеры уникален, весьма уязвим, и требует особых мер по сохранению.
