По микроклиматическим показателям Скельская пещера относится к теплому типу, т.е. в «нейтральной зоне» температура не опускается ниже 9 С.
Наличие сообщающихся пустот, расположенных выше и ниже отметок входа обуславливают постоянную и интенсивную циркуляцию воздуха, как в самой пещере, так и атмосферным воздухом.
Установлено, что в летнее время воздух из полости через входное отверстие вытекает наружу, а в зимнее – поглощается.
В нижней части пещеры, где проходят лабиринты колодцев, наполненные водой, температура воздуха снижается до 10-11 С, что связано с влиянием водотока с температурой воды 9.8-10.0 С.
Но за счет температурного градиента в верхней экскурсионной части пещеры температура уже составляет
10-13 С, при относительная влажность воздуха 98-100%.